Cuproplasia-related genes: Why are they important to identify cancer patients who may have a better outcome?
Cuproplasia is copper-dependent cell-growth and proliferation in cancer, and copper is a redox cofactor for several copper-dependent enzymes and proteins, such as mitochondrial Cu transporter SLC25A3 and cytochrome c oxidase COX. Copper plays a critical role in angiogenesis, by influencing vascular endothelial growth factor (VEGF) protein and its mRNA expression. All these findings indicate the importance of copper as a factor for enzymes in mediating many vital cellular functions. However, the dysregulation of copper stimulates receptor tyrosine kinase (RTK) signalling pathways, inhibits key enzymes in cellular metabolism and respiration, and leads to oxidative stress and cytotoxicity. Some proteins maintain appropriate intracellular copper bioavailability in cells and ensure the metalation of copper-dependent enzymes. Key regulators of mammalian copper homeostasis are blood carrier protein ceruloplasmin (CP), SLC31A1 (also known as CTR1, a principal copper uptake transporter), and exporting proteins ATP7A and ATP7B, which possess both copper export and metallochaperone functions. The expression dysregulation in those regulating proteins cause copper accumulation or deficiency pathologies, leading to diseases. Thus, proteins and genes related to copper and cuproplasia play a critical role in cancer initialisation and progression, and they can be used to predict the outcome of cancer patients.
How was the study conducted?
A comprehensive analysis was performed on cuproplasia-related genes in cancer to better understand their potential roles, effects, and associations with patient survival. Firstly, 23 gene regulatory networks were generated using the gene expression data of 23 tumours and normal tissue samples obtained from TCGA and GTEx respectively (Fig. 1A-B). To identify the critical cuproplasia-related genes (CCGs), we intersected the critical gene nodes of the estimated networks for each cancer type with the copper metabolism related genes from MSigDB. The critical gene nodes of each network were indicated by using the network control method. We then aggregated all the identified CCGs of the 23 cancer types into a single set and removed duplicated genes, resulting in 57 genes. Of these 57 genes, 40 genes occurred in multiple cancer types. We sought to further refine the list of CCGs to identify a potential specific subset of genes whose expression may be prognostic of survival in pan-cancer. Univariate Cox proportional hazards regression model based on the 40 genes revealed that 35 genes were significantly associated with survival (p
Fig. 1 Gene regulatory network methodology to identify 30 CCGs in pan-cancer
What did the study find?
From the 18 up-regulated and 12 down-regulated genes, we identified 8 gene pan-cancer specific signature that significantly improved survival (p = 1.88e-06; Fig. 2A). Patients whose tumour had high expression of MAP1LC3A, SNCA, MAPT and low expression of CDK1, AP1S1, CASP3, TMPRSS6, GSK3B inferred better overall survival than all other patients (Fig. 2A). Conversely patients who had low expression of MAP1LC3A, SNCA, MAPT and high expression of CDK1, AP1S1, CASP3, TMPRSS6, GSK3B, had the poorest overall survival. Further separating the genes into the 5 highly expressed and 3 lowly expressed genes also showed a significant improvement in survival (p = 1.91e-13 and p = 8.31e-10, respectively), however, resulted in poorer survival probability than the combined 8 gene signature (Fig. 2A-C). Based on these findings it is the combination of the 3 down-regulated and 5 up-regulated genes together that make up this novel signature that is more predictive of survival. Thus, our novel 8 CCGs could potentially be used to stratify patients prognostically regardless of cancer type. Interestingly, among these 8 CCGs MAP1LC3A, SNCA, CDK1, and CASP3 are involved in autophagic processes linked to cancer formation and progression. Importantly, SNCA has also been shown to play a potential role in pathological processes in distinct tumour types, including lung adenocarcinoma, ovarian cancer, and breast cancer. CDK1 dysregulation (i.e., a hallmark of cell cycle dysregulation) and GSK3B dysregulation observed in homeostatic dysfunction constitute key hallmarks of malignancies. Additionally, we previously demonstrated that copper chelation therapy inhibited GSK3B phosphorylation and in turn induced downregulation of PD-L1 and increased anti-cancer immune response. Regarding immune processes, high expression of AP1S1 in tumours was negatively correlated with immune infiltrating cells, and low expression of SNCA was correlated to low levels of immune infiltration, indicating that these genes play a key role in the anti-cancer immune response and immune evasion mechanism. Given the important roles of these genes in tumour formation and development, the use of therapeutic strategies targeting copper could have a strong effect on these genes and improve the prognosis of patients affected by different types of tumours.
Fig. 2 A novel cuproplasia-related 8-gene signature is a potential biomarker of improved survival
What do these results mean?
We conducted for the first time a comprehensive pan-cancer analysis for genes involved in cuproplasia using a novel framework. An 8-gene signature related to cuproplasia was identified as a potential biomarker for predicting cancer patients’ survival. These findings provide novel insights into the effects of genes involved in cuproplasia on the molecular regulatory mechanisms of cancer development. Furthermore, the identified cuproplasia-related genes can be used by clinicians to understand which patients can benefit from using copper chelation therapy and identify novel combinatorial therapeutic strategies.
ADVERTISEMENT:
Halo, para pencinta slots pernahkah denger istilah “slot gacor”? Kalau tidak, siap-siap jatuh cinta sama konsep ini. slot gacor adalah mesin slots yang sering kasih win. Yup, mesin-mesin ini bisa dibilang sebagai jagoannya tuk membawa pulang cuan. tapi, cemana sih caranya nemuin slot gacor yang tepat? Tenang Bro and Sis, kita bahas santai aja di tempat ini
Gaming terpopuler saat ini satu-satunya berada Indonesia hanya di pasti memberikan imbal hasil terbaik
Daftarkanlah dengan di :
Informasi mengenai KING SLOT, Segera Daftar Bersama king selot terbaik dan terpercaya no satu di Indonesia. Boleh mendaftar melalui sini king slot serta memberikan hasil kembali yang paling tinggi saat sekarang ini hanyalah KING SLOT atau Raja slot paling gacor, gilak dan gaco saat sekarang di Indonesia melalui program return tinggi di kingselot serta pg king slot
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
situs slot terbaru
situs slot terbaru permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
slot terbaru
slot terbaru permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
luna88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama luna88.biz
magnum88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama magnum88.live
mainslot888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mainslot888.biz
margo88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama margo88.biz
maung888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama maung888.info
menang88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama menang88.asia
mitra777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mitra777.biz
mitra777slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mitra777slot.biz
msislot88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama msislot88.com
nonstop888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama nonstop888.biz
nonstop888slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama nonstop888slot.com
oxwin777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama oxwin777.net
oxwin88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama oxwin88.com
pahala88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pahala88.biz
pan88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pan88.info
paris777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama paris777.asia
paris777slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama paris777slot.biz
perdana88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama perdana88.biz
pesiar88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pesiar88.org
pesiarbet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pesiarbet88.biz
pesiarbet88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pesiarbet88slot.net
planet777slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama planet777slot.biz
populer88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama populer88.info
psg777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama psg777.biz
puas88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama puas88.com
pulaujudi88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pulaujudi88.info
queen88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama queen88.biz
quiz88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama quiz88.biz
quiz88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama quiz88slot.com
ras77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama ras77.biz
ras77slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama ras77slot.info
rolex888slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rolex888slot.org
rusiaslot888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rusiaslot888.com
rute88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rute88.info
sabet88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sabet88slot.com
sakti88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sakti88.info
sakti888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sakti888.biz
sakti888slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sakti888slot.info
satria88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama satria88.asia
sawit77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sawit77.net
sayap88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sayap88.biz
sensasi77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sensasi77.biz
sensasi77slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sensasi77slot.info
siap4d permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama siap4d.net
sinar88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sinar88slot.info
sugih88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sugih88.org
surga8888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama surga8888.com
surga888slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama surga888slot.biz
surya88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama surya88.biz
surya888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama surya888.biz
v888toto permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama v888toto.com
vegas888slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama vegas888slot.asia
venom88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama venom88slot.org
wis777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama wis777.biz
wis777slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama wis777slot.biz
xuxu88.org permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama xuxu88.org
zara88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama zara88.info
zara88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama zara88slot.net
foya888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama foya888.com
dangdut88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dangdut88.org
polaris888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama polaris888.info
cuan88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama cuan88slot.net
cuan88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama cuan88.asia
calon88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama calon88slot.com
calon88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama calon88.biz
axiata88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama axiata88.org
artis77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama artis77.info
artis77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama artis77.biz
gwin88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gwin88.org
santai88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama santai88.org
dewanaga777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dewanaga777.biz
dewi18 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dewi18.com
dewigg88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dewigg88.com
dewijoker88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dewijoker88.asia
dombatoto88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dombatoto88.net
dunia30 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dunia30.com
dunia88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dunia88.biz
erajp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama erajp88.com
fyrewin88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama fyrewin88.com
gaca88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gaca88.com
gacha88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gacha88.biz
gacorbet999 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gacorbet999.net
gajah88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gajah88.biz
gemoyslot88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gemoyslot88.net
gencar88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gencar88.net
gocap88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gocap88.biz
gol888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gol888.org
grandbet888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama grandbet888.biz
gudangslot777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gudangslot777.net
gwd88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gwd88.net
harapjp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama harapjp88.com
himalaya88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama himalaya88.biz
hondatoto88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama hondatoto88.biz
ikan88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama ikan88.biz
imperial888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama imperial888.biz
indahjp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama indahjp88.com
indobola33 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama indobola33.com
indomax888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama indomax888.biz
indosloter88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama indosloter88.org
interwin888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama interwin888.biz
istana88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama istana88.biz
